据《史记》记载，在秦始皇统一六国之后，丞相李斯认为民间“诸子”学说经常诽谤朝政，以古非今，建议秦始皇予以取缔。于是秦始皇采纳李斯的建议，下令焚烧《秦记》以外的其他国家的史记，对不属于博士馆的私藏《诗》、《书》等也限期交出烧毁；有敢谈论《诗》、《书》的处死，以古非今的灭族；并禁止私学。此即中国文化史上的一场空前浩劫——焚书。第二年，两个术士（修炼功法炼丹的人）侯生和卢生私下诽谤秦始皇“乐以刑杀为威”、“贪于权势至如此”等，秦始皇为此大怒，派御史调查此事，最后查处与之相关的“诸生”460余人，全部坑杀，也即活埋。此即为“坑儒”。两件事合在一起史称“焚书坑儒”。

秦始皇的“焚书”与“坑儒”，两件事其实是出于同一个目的，即为了统一思想，巩固统治。秦统一六国之初，虽然建立起了中国第一个集权王朝，但在思想上并未统一。秦始皇对于民间兴盛的“诸子”私学非常头疼，视之为“百家之难”。因此，秦政府的“焚书坑儒”，所打击的对象不单是儒家，而是讲私学的“百家”。所谓的两个术士逃亡只是一个借口。这其实是专制权力与清醒的知识分子之间的必然冲突，历代不乏，只是外在形式有所变换，激烈程度不同罢了。

至于被坑杀的是儒生还是方士，历来存在争议，主流观点认为被坑杀的是儒生。因为虽然司马迁《史记·儒林列传》中所用的是“及至秦之季世，焚诗书，坑术士”，但在汉代以前，儒生是一种泛指，包括了术士，就像现在的文化人，包括了作家、学者一样，并且从术士们诽谤秦始皇的话来看，显然是以一种儒家口吻批评推行法家统治的秦始皇，所以，秦始皇所坑杀的应该是儒生。