间断平衡是一种生物进化的模型。1972年，尼尔斯· 埃尔德雷奇（Niles Eldredge ,1943—）和史蒂芬·J．古尔德（Stephen J. Gould,1941—2002）首次详细阐述了间断平衡。人们将这个理论视为对新达尔文主义者假设的逐步进化模式的补充或挑战。间断平衡模式认为，地质历史的绝大多数时期基本上并不存在进化变异，只有在短暂的几个时期（就地质历史而言，几百万年）出现了快速进化变异。同源盒基因（控制胚胎发育）的发现证实了古尔德与埃尔德雷奇的结论。同源盒基因出现在所有脊椎动物和很多其他物种体内，它们控制着发育胚胎中身体部位的布局。基因顺序的微小变动都会在短期内导致物种身体的巨大改变，从而产生出新的生物形式，出现新的物种。