人们通常用装有培养基的培养皿培养细菌，培养基通常都是营养琼脂。培养皿是1887年朱利斯·理查德·佩特里（Julius Richard Petri, 1852—1921）发明出来的。他是罗伯特·科赫实验室中的一员。培养皿顶部比底部大，所以盖上盖子时可以形成一个密闭环境，防止细菌培养遭到污染。提出用琼脂做培养基的人是罗伯特·科赫。科赫对分离细菌进行纯培养非常感兴趣，但是要想从液体培养基里分离出细菌极为困难，因此他开始研究在固体培养基中培养细菌的办法。无菌熟土豆的结果不尽如人意；但是，后来科赫的助手、瓦尔特·海斯（Walther Hesse,1846—1911）的妻子法妮·E．海斯（Fannie E. Hesse,1850—1934）想出了一个好办法。她提出用琼脂（使酱汁、果酱和果冻凝结的物品）使肉汁凝结。通常情况下，琼脂价格不贵，而且凝成胶状后，只要温度低于212℉（100℃）就不会熔化。将1～2克的琼脂加入100毫升的肉汁，所形成的固体培养基大部分细菌都无法降解。微生物实验室中，最为常见的几样东西之一就是一叠叠的培养皿了。