“五四”时期，胡适第一个喊出了“打倒孔家店”的口号。20世纪20年代，民主制度在中国立足未稳，不少实权人物依旧怀着皇帝梦。此时的北洋政府高调推崇孔子，试图利用孔子的宗法制度以及忠君思想恢复封建旧制。1912年，袁世凯发布《崇孔伦常文》，次年又接连两次颁布《尊孔祀孔令》，并亲自到孔庙祭祀。各个地方军阀也积极配合，支持尊孔。同时，康有为、陈焕章等守旧派文人也建立了“孔教会”等尊孔团体，鼓吹儒家思想。整个社会弥漫着借“孔”复古的浓厚气氛。在这样一种专制与民主相互激荡的情况下，为防止历史出现倒退，当时的进步知识分子将反对孔子作为他们反对封建专制制度的一个着力点，开展了一系列的针对孔子的文化批判活动。

首先是吴虞、章太炎等激进知识分子多次撰文批判尊孔风潮；陈独秀在1915年9月的《新青年》创刊号上发表著名的《敬告青年》，号召青年向腐朽的封建思想做斗争；1916年2月，易白沙首次在《孔子评议》的文章中直接点名批判孔子，由此展开了对于孔子的直接批判。接下来，李大钊、陈独秀指责孔子是历代帝王专制的“护身符”，猛烈抨击“三纲五常”、“三从四德”等封建礼教和儒家道德；鲁迅则在1918年发表《狂人日记》，借疯人之口喊出了儒家思想“满口仁义道德”，其实是“吃人的礼教”的呐喊；接着胡适便在1921年的《吴虞文录》序言里提到吴虞是打倒孔家店的英雄，由此，“打倒孔家店”的口号被正式提出，成为新文化运动“反封建”的标志性口号。

在中国2000多年的封建时代，儒家文化一直被作为封建专制制度运转的思想基础和伦理依据，要想彻底推翻封建专制制度，防止封建复辟，便首先需要推翻儒家文化。再加上当时的北洋政府正在力图“借孔子之力”实现封建复辟，于是，尊孔与批孔便成了专制与民主思想角力的焦点。正因为此，“打倒孔家店”的口号应运而生。

而事实上，历代专制帝王所尊奉的无论是孔子还是儒家思想，都已经和真正的儒家思想相去甚远，是统治者为维护封建统治而“塑造”出来的一个虚幻的孔子。