不，并不是所有古生物学家都认为鸟类就是恐龙或鸟类直接由恐龙进化而来。很多科学家提出，鸟类和恐龙源于共同先祖，由于趋同进化，在数百万年里发展出许多表面上的相似之处。因为它们都为两足行动而进化身体外观，所以最终变得彼此相似。

科学家们认为恐龙——鸟类间的直接联系不存在的原因有四：时机问题、体形差异、骨骼变化和手指进化的不匹配。首先是时机问题，一些化石显示，类鸟恐龙是在始祖鸟出现3000万年到8000万年之后形成的，这就像是把马车放到马前面，将鸟类置于类鸟恐龙之前。如果鸟类起源于恐龙，这正是与预见完全相反的顺序。

第二，一些科学家提出，因为体形的差异，兽脚亚目恐龙进化成鸟类几乎不可能。他们指出，肉食性恐龙是地居动物，体形较大，尾巴沉重以维持身体平衡，前肢较短。这样的体形不太能够进化成那些体重较轻的飞翔生物。

第三，尽管鸟类和恐龙的骨骼宏观看来较为相似，但小范围内其实有众多不同。兽脚亚目恐龙的牙是弯曲、有锯齿的，但早期鸟类的牙是直的，也没有锯齿，像钉子一样。恐龙有重要的下颌关节，而早期鸟类没有；它们各自的骨带相当不同；鸟类有一只相反的后脚趾，帮助其在树枝上栖息，而恐龙并没有相反的脚趾。

第四，恐龙的趾头与鸟类的趾头不符。恐龙发育完整的手有三个趾头或手指，称为一指、二指、三指，同人类的拇指、食指和中指对应。与无名指和小指相对的四指和五指，是退化的隆起，曾在早期恐龙的骨架中发现过。然而，最近对胚胎的一项研究显示，鸟类发育完整的手指为二指、三指、四指，分别对应人类的食指、中指和无名指。与大拇指和小拇指对应的两指消失。一些古生物学家说，有二指、三指、四指的鸟怎么能是从一指、二指、三指的恐龙进化而来呢？他们的答案是：这是不可能的。