最早的鸟臀目恐龙是莱索托龙（Lesothosaurus）和畸齿龙（Heterodontosaurus）。它们的残骸都在南非斯托姆贝赫的三叠纪后期到侏罗纪早期的岩层中发现过。莱索托龙很小，是瘦小的两足动物，有一米长，后腿纤长，前臂很短，但长有五指。尽管这种恐龙有着鸟臀目恐龙典型的臀骨结构，但是不像其他的鸟臀目恐龙那样长有两排很深的牙齿，这就意味着它们的面部没有其他鸟臀目恐龙那么发达。因此，古生物学家认为，莱索托龙是已知最原始的鸟臀目恐龙，人们通常把它们和颌齿类的新鸟臀目归为一类。

畸齿龙是另一种身长一米的恐龙，但它们的头骨和手掌与莱索托龙不同。它们的头骨上有着很深的两排牙齿，而且牙齿结构更加复杂，上牙和下牙里面的牙釉质更厚。畸齿龙比莱索托龙更加先进，显示出一些后期的鸟臀目恐龙才有的特征。