在专著《物种起源》中，达尔文首次提出了基于自然选择的进化理论。这本书的发表迎来了人类思考自身本质的新时代。许多人认为，相较于艾萨克·牛顿（Isaac Newton,1643—1727）和其他人的作品，《物种起源》引起的知识革命更广泛，对人们的人生观和世界观的影响更深远。它的影响立竿见影——第1版《物种起源》在出版当天（1859年11月4日）就被抢购一空。这本书又被称为“震惊世界的书”。今天，一切关于人类未来、人口爆炸、生存斗争的讨论，以及对于人生观、宇宙观、人在自然中角色的探讨都建立在达尔文的理论基础上。

《物种起源》是达尔文分析解读贝格尔之旅中研究发现的产物。在达尔文的时代，对物种多样化的流行解释是《圣经·创世纪》中上帝创造世界的故事。《物种起源》最早通过合乎科学、条理清晰的证据证明了进化论。达尔文的理论建立在自然选择的基础上，即最优秀或适应能力最强的个体生存的概率通常要大于适应能力差的个体。如果个体存在和适应能力相关的基因差异，物种就会随时间改变，最终趋向于适应能力强的个体。这一过程分为两部分：第一，出现变异；第二，自然选择对多样性进行分类，适者生存。