化石记录中有某些线索可以表明恐龙和其他生命方式的灭绝。然而，最能证明灭绝的方式是在岩层中化石的缺失。比如说，在白垩纪岩层之上未曾发现恐龙的化石，而在二叠纪岩层之上，动植物化石的数量大幅度减少。原因很合逻辑：死去的动物留下化石，当它们灭绝后便不再有化石留下。岩层中的证据看上去像这种生物上一分钟还在，下一分钟便消失了。但在实际情况中，多数灭绝要经历数千年的时间。