细菌分类学的经典分类法以下列特征为基础，将细菌分为不同的属、种：1）细菌结构特征和形态特征，例如细菌的形状、大小、排列、有无荚膜、鞭毛、芽孢等结构和革兰氏染色反应；2）生理生化特征，例如细菌生长的最佳温度、酸碱度范围、氧气需求、对生长因子的需求、呼吸和发酵终产物、抗生素敏感性以及作为能量来源的糖类种类。