科学家们还真不知道羽毛是如何进化而来的。一些科学家认为，羽毛开始是进化的鳞片，这些改进的鳞片一开始并不是为了飞行，而是为了隔绝空气，保持体温。最终，它们进化成为羽毛。另一些科学家认为，羽毛是从类似鸟足上部厚鳞片的鳞甲进化而来。分析已经表明鸟的鳞甲、鸟爪和鸟嘴上的覆盖物及鸟眼睛周围的鳞片所含化学成分与羽毛相同，并且被同样的基因控制。恐龙的近亲鳄鱼也拥有鳞甲，其化学成分同鸟类鳞甲十分类似（但不完全一样）。科学家还注意到，恐龙也有鳞甲，但其构成成分尚属未知。还有一些科学家推测，鳞甲是由羽毛进化而来，使问题变得更加令人疑惑。