直到最近，科学家们也只能猜测羽毛化石的颜色，但研究人员也许发现了一些新的线索。在一些羽毛化石的有机物遗迹中，有一些色素残余，而正是这些色素决定了羽毛的颜色。这些残余之前一直被认为是细菌的碳痕迹，但现在确定它们是石化的黑色体，即包含黑色素的细胞器。因为在某些化石中黑色素得以保存，科学家也许有办法准确地预测出有羽毛恐龙的原本颜色，包括始祖鸟和它的同系。