这是白垩纪末期恐龙灭绝问题中的另一大谜团。如果恐龙确实是因为一场大灾难而突然灭绝，那么化石记录中应存在一层厚厚的骨化石，或“骨化石突起”。但迄今为止，在白垩纪与第三纪的交界处，还从未发现过这种“骨化石突起”。同样令人困惑的是，在这一界限之下的一英尺（1英尺≈0.3米）内也很少发现恐龙化石。

要解释这些“消失的”恐龙化石（如果它们真的是消失了），一种可能性理论涉及到酸雨。模型显示，一次严重的小行星撞击很可能为整个星球带来高强度的酸雨，而这种酸性水流可以溶解地表上大多数恐龙尸骨，并会下渗到地表下的土壤。与细菌结合，水流侵蚀性更强，溶解了地表下的恐龙尸骨。只有那些已经形成化石的骨头能够抵抗侵蚀。因为石化过程相当漫长，所以近期的恐龙骨头无一幸免，全被侵蚀溶解。

这一理论（目前还仅限于理论）很好地解释了为何在界限之下很少发现恐龙化石，为何在交界处从未发现过恐龙化石。分界处的岩层还提供了支持证据：在世界上很多地方都存在一层相对较薄的黏土层，该岩层很可能是因为酸雨腐蚀岩石而形成的。