近2.5亿年前，在二叠纪结束时期或三叠纪开始时期（也就是古生代结束时期和中生代开始时期）发生了大规模的物种灭绝。这次灭绝消灭了我们星球上将近90%的物种（极其接近地球的完全灭绝）。这次灭绝是非选择性的，消灭了海洋和陆地上的大部分生物，包括很多无脊椎动物、装甲鱼和爬行动物。

这次物种灭绝的真正原因未知，但有好几种推导理论。一种是地球与小行星或彗星相撞，引起的灰尘和碎片飞入大气层的上空，阻隔了阳光并从根本上改变了全球气候。另一个想法是，大陆移动改变了气候、海平面，因此改变了栖息地，导致了一些物种进化适应，而其他的则灭绝了。还有一种理论着重于西伯利亚的玄武岩洪流，在二叠纪的末期，亚洲大片区域内无数的火山岩浆喷发，改变了气候和某些栖息地。

无论情况如何，物种通过适应空缺了的生态位存活，进一步进化。二叠纪灭绝之后，整个中生代时期，以恐龙为代表的爬行动物迅速多样化，并主导了这个星球。