在最早的爬行动物出现之后的1亿年里，各种各样的爬行动物系继续进化。今天，关于爬行动物分类很难达成一致意见。在大多数情况下，它们被分成现存的四目（其他的随着时间流逝已经灭绝了）：

鳄目——鳄鱼、短吻鳄、印度鳄以及凯门鳄，由23种已知的物种组成。

有鳞目——蜥蜴、蛇以及蚯蚓，由大约7900个物种组成。

龟鳖目——海龟以及乌龟，包括大约300个物种。

喙头目——濒临灭绝的喙头蜥，只在新西兰发现过，包含两个物种。

还有一种更为古老的划分爬行动物种群的方法：根据它们颞颥孔的位置，或者眼球后头骨上的开口来划分亚纲：无孔亚纲、下孔亚纲、双孔亚纲和调孔亚纲。无孔亚纲在头骨上没有开口，并最终进化成今天的海龟和陆龟。下孔亚纲，也称“同孔”，有一个在头骨低处的开口，并且曾经一度被认为是现代哺乳动物的祖先（而且现在并不被认为是真正的爬行动物）。双孔系动物，即“两个头骨开口”的动物，则最终进化成恐龙。另一条有争议性的进化系是调孔亚纲，它们的特点是在头骨的一侧有一个开口，现在经常被包括在双孔亚纲里。