脊索动物都有一个脊索、背神经管和咽鳃裂。脊索是一个软骨质支承杆，沿身体背部延伸。脊索经常出现在胚胎中，但是在大多数脊椎动物的发育过程中，骨质脊柱或软骨质椎骨会替代脊索。管状的背神经管（脊索的背面）由外胚层在发育阶段内折形成。脊椎动物的神经受到脊椎遮盖、得到保护。咽鳃裂形成于胚胎发育时期的咽喉两侧。