不是所有的化石都是硬化的骨骼牙齿或者印模化石和铸型化石。有些化石仅仅是某些生物曾经爬行、行走、跳跃、挖掘或是在大地上奔跑过的证据。遗迹化石就是一种生物在沙子或泥土等沉积物中留下的痕迹。例如，小动物在湖泊沉积矿的泥中钻出有分支的隧道来寻找食物；恐龙沿着河岸寻找食物，在柔软的土壤中留下了足迹。和动物坚硬部分形成化石的过程类似，这些足迹和隧道被沉积物填满，之后被多层沉积物埋藏数百万年，最终固化。今天，我们把这种长期活动的结果看成遗迹化石。许多遗迹化石的起源都不可辨认，换句话说，留下的只有遗迹，并没有动物本身的化石。一些最著名的遗迹化石便是在变硬的沉积质中发现的恐龙行迹（例如，在美国弗吉尼亚的卡尔佩珀和科罗拉多的戈尔登附近）和人类足迹（例如，在非洲）。

行迹和痕迹不同点在于：行迹通常是清楚的足迹，然而痕迹可能是一种动物在移动的过程当中，拖动脚或其他附加物时留下的。因此，行迹更为特殊，通过有特色的足迹可以辨认出不同的动物，但痕迹很少可以和某种特殊的动物联系起来。