禅宗（Zen）是流传于日本的主要佛教分支，禅宗教义认为，冥想是脱离俗世烦恼、达成开悟的方法[在中国称为禅宗佛教（Chan Buddhism）]。禅宗庭院让人感到平静，有助于冥想，是佛教传统中的重要元素。位于日本京都的西芳寺（Saihoji temple）的庭院内因布满精心修剪的青苔，有时也被称为“苔寺”。这座寺庙建于公元8世纪，在14世纪的室町时代期间，又根据禅宗哲学设计建造了内部的庭院。僧侣们在铺满苔藓的下层庭院中冥想打坐，上层庭院则放满岩石，制造出一片山脉的效果。有些禅宗庭院则只重视石块的排放方式，比如日本龙安寺（Ryoanji Temple）的岩石庭院。