南京中医药大学的王牌专业，主要是指其入选“双一流”建设学科名单的专业，具体为：

中药学

备注：双一流大学是指在“双一流”建设中获得重点支持的高等院校，其目标是在2023年建成一批世界一流大学和一批世界一流学科。双一流学科名单是指在“双一流”建设中获得重点支持的高等院校的学科，其目标是在2023年建成一批世界一流学科。

数据来源：教育部